很多年前就遇到的难题，最近在知乎找到了解决办法（原po点此）。这里复述一下也作为一个存档备份。
问题概述
使用非美式键盘，使用微软内建的中文输入法，当激活拼音输入法（无论中英文模式）时，键盘布局永远是美式。结果就是输入符号时不符合键盘上的符号（甚至字母都不对，如果用的是非QWERTY的键盘布局）。
解决方案
你需要有管理员权限！
按下Windows键（或者点击开始菜单按钮）输入 regedit，回车或者点击注册表编辑器。进入 HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layouts 然后一个一个找（可以使用方向键翻，用鼠标点可能会点疯），找到你要修改的语言，例如这里我要改的是简体中文，文件夹00000804对应的就是简体中文的键盘布局 (Layout Text 的值是 Chinese (Simplified) - US Keyboard)，双击 Layout File 把值从 KBDUS.DLL 改成 KBDUK.DLL，可以顺便把 Layout Text 的值里面的 US Keyboard 改成 UK Keyboard。修改完成后需要重启电脑（或者登出再登入）生效。
如果你使用的是其他键盘布局，可以挨个找到该原生语言的布局（例如如果你用的是美式 Dvorak 键盘，挨个翻，可以找到 00010409 里面的 Layout Text 写的是 United States-Dvorak），找到正确的 Layout File，然后把中文的 Layout File 修改成对应的值（例如美式 Dvorak 就会是 KBDDV.DLL）。
其他方案
搜狗输入法、QQ输入法等第三方拼音输入法允许设置键盘布局，如果使用这些输入法就直接在设置里更改键盘布局即可。
最后吐槽一下Windows的设计，键盘布局应该是和语言无关、和硬件有关，在某些操作系统（比如Windows）中键盘布局变成和语言输入法耦合在一起就很莫名其妙。这样就算了，竟然没有一个在用户态更改键盘布局的图形界面……
2021年10月5号更新
本方法对Windows 11同样有效，但是从Windows 10升级到Windows 11后相关注册表值会被重置，按照上面的内容再修改一次就可以了。